從魏塘鎮臺基村、小橫港村和姚莊鎮蓮花涇村、丁柵鎮張安村等新石器時代遺址中出土文物說明，早在6000多年前，境內已有從事水稻栽種、豬狗飼養及漁獵、制陶等生產勞作的人類活動。

明代宣德四年（1429）三月，巡撫、大理寺卿胡概巡視江南后，以地廣賦繁奏請劃增縣。下一年三月，敕分嘉興市東北境之遷善、永安、奉賢三個鄉和胥山、思賢、麟瑞三鄉之一部分置嘉善縣，隸屬嘉興府。咸豐十年（1860）至同治二年（1863），太平天國曾在境內設立地方政權。

1949年5月11日，嘉善解放，隸屬浙江省專員公署。11月，嘉善縣隸屬浙江省和嘉興專署。1958年11月嘉善縣建制撤銷，并入嘉興市。1961年4月9日依原轄區重新建置。